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Table 3 Results of Example 3-1: Federated query for melanoma and Example 4-1: Centralized query for melanoma

From: Federated SPARQL query performance evaluation for exploring disease model mouse: combining gene expression, orthology, and disease knowledge graphs

Query approach

No. of retrieved mice

No. of retrieved genes

Gene labels (Ensembl Gene IDs)

Example_3-1: Federated query for melanoma

102

14

TYR (ENSG00000077498)

PPP6C (ENSG00000119414)

PIK3CA (ENSG00000121879)

BRCA2 (ENSG00000139618)

TP53 (ENSG00000141510)

AKT1 (ENSG00000142208)

ATM (ENSG00000149311)

KIT (ENSG00000157404)

TERT (ENSG00000164362)

CTNNB1 (ENSG00000168036)

PTEN (ENSG00000171862)

HRAS (ENSG00000174775)

MITF (ENSG00000187098)

NRAS (ENSG00000213281)

Example_4-1: Centralized query for melanoma

102

14

TYR (ENSG00000077498)

PPP6C (ENSG00000119414)

PIK3CA (ENSG00000121879)

BRCA2 (ENSG00000139618)

TP53 (ENSG00000141510)

AKT1 (ENSG00000142208)

ATM (ENSG00000149311)

KIT (ENSG00000157404)

TERT (ENSG00000164362)

CTNNB1 (ENSG00000168036)

PTEN (ENSG00000171862)

HRAS (ENSG00000174775)

MITF (ENSG00000187098)

NRAS (ENSG00000213281)